「사회통계발전을 위한 국가통계혁신계획」에 따른 국가통계에 관한 기능 개편 및 본부 통계담당 인력 1명(5급1) 증원
"다중이용시설 등의 실내공기질관리법" 제정으로 실내환경 관리업무가 생활공해과 주요 업무로 발전됨에 따라 생활공해과를 생활환경과로 명칭 변경
200711월
총액인건비제에 의한 직급조정
본부 총 26명 직급조정(별정5급-1명, 별정7급+1명, 4·5급+2명, 5급+5명, 6급-9명, 7급+4명, 기능-4명)
지방환경관서는 총 5명 직급조정(4·5급+2명, 5급-2명, 6급-1명)
200709월
"전기·전자제품 및 자동차의 자원순화에 관한 법률" 제정에 따른 자원순환 정책 수립 기능 추가 및 오염물질 조사·연구 등에 소요되는 인력 14명(5급2, 6급2, 연구관1, 연구사8, 기능1) 증원
본부 자원순환국 기능에 자원순환 정책 수립 기능 추가와 본부 4명(5급2, 6급2) 증원
과학원 지구환경연구소 기능 조정 및 황사 측정 등을 위한 인력 7명 (연구관1, 연구사5, 기능1) 증원
지방환경관서 수질측정 관련 인력 3명(연구사3) 증원
200706월
기능 효율화를 위한 자체 조직개편 및 기능 조정
재정기획관실 재정운용과와 상하수도국 물산업육성과 신설
수질보전국 “유역제도과+수질총량제도과” → "유역총량제도과+수생태보전과"로, "산업폐수과" → "산업수질관리과"로 명칭 변경
"유역총량제도과"는 4대강 유역, 수질총량 및 연안하구를 관리하고, "수생태보전과"는 비점오염원 관리, 생태하천 복원, 가축분뇨 자원화 등 수행
대기보전국 유사기능 일원화 등 과간 기능조정
특별대책지역 관리 : 대기관리 → 대기정책
결함확인 검사, 운행차 사후관리, 제작차 검사 등교통환경관리 → 교통환경기획
200702월28일 03월13일
국립생물자원관 신설 등 '07년도 소요정원 관련 직제령 및 규칙 개정 (총원 : 1,744명 본부 484, 분쟁위 21, 과학원 290, 개발원 27, 지방관서 820)
생물자원관 신설(2부 8과) 및 인력 102명 증원
과학원 1부 2과 신설 및 인력 16명 증원 (화학물질평가부, 평가부 소속 화학안전예방과, 자연생태부 환경바이오안전과 신설 환경보건안전부 3과(환경노출평가과, 화학물질등록평가과 및 제품안전성평가과)를 신설된 화학물질평가부로 이관하고, 환경보건 안전부를 환경건강연구부로 명칭 변경)
지방환경관서 1과 신설, 직급조정 및 인력 18명 증원(한강유역환경청 수질총량관리과 신설, 금강 및 영산강청 환경감시단장 직급 조정)
기술·연구직 확대 등
한강·원주청 관할구역 중복문제 해소를 위한 조정
한강청 관할구역을 "서울특별시, 인천광역시, 경기도"로 조정
원주청 관할구역을 "강원도(태백시 제외), 충청북도 충주시·제천시·괴산군·음성군·단양군"으로 조정
춘천출장소 관할구역에서 가평군을 제외(한강청으로 이관)
200612월29일
총액인건비제 시행에 따라 조직과 정원의 자율성 확대를 위한 직제령 개정(시행 ‘07.1.1)
200607월20일
고위공무원단 제도 실시에 따른 고위공무원단 직무등급 설정 관련 직제시행규칙 개정
200607월01일
고위공무원단 제도 실시 및 제주특별자치도 설치에 따른 직제 개정 (총원 : 1,596명 본부 472, 분쟁위 21, 과학원 274, 개발원 27, 지방관서 802)
200606월24일
정보통신부의 정부통합전산센터의 설치 결정에 따른 환경부 인력 1인(6급)을 정보통신부로 이체 (총원 : 1,598명 본부 471, 분쟁위 21, 과학원 274, 개발원 27, 지방관서 805)
환경정책국(2급)의 환경정책실(1급) 승격, 대기총량제도과ㆍ신설 및 환경행정 실무인력 등 총 42명 증원
환경행정의 개혁을 상시추진하기 위해 기획관리실의 행정관리담당관을 “혁신인사담당관”으로 개편
화학물질 관리강화를 위해 화학물질과를 환경정책실 소속의 3개과(환경보건정책과, 화학물질안전과, 유해물질과)로, 교통공해 관리를 강화하기 위해 교통공해과를 2개과 (교통환경기획과, 교통환경관리과)로 확대개편
7개과를 4개과로 통ㆍ폐합
수도정책과 + 수도관리과 → 수도정책과
토양보전과 + 지하수업무(수도정책과) → 토양수질관리과
하수도과 + 생활오수과 → 생활하수과
자연생태과 + 자연공원과 → 자연자원과로 변경
200208월08일
총 정원1,349명, 낙동강수계물관리및주민지원등에관한법률 등 3대강법 제정에 따른 유역환경 관리업무 수행, 환경성검토의 사전협의, 자동차공해의 연구, 환경생태계의 조사 등 새로운 환경 행정수요에 효율 적으로 대처하기 위하여 필요한 인력을 증원(133명)하고, 환경부가 수행하여 오던 산업단지내 대기.수질오염물질 배출업체의 관리 및 유독물영업자의 관리에 관한 업무를 시.도로 위임하게 됨에 따라 관련인력을 감축(86명)하여 시.도로 이체
유역환경관리업무 수행을 위해 환경부 본부에 1과, 낙동강유역환경청 등 3개유역환경청에 유역관리국 및 3개과를 신설, 연구원에 1과 신설
국립환경연구원에 유전자변형생물체의 생산 또는 수출입시 자연생태계에 미치는 위해성 여부를 심사하기 위해 생물다양성연구부 및 1과신설
산업단지내 대기.수질오염물질 배출업체의 관리 등에 관한 업무를 시.도로 위임하게 됨에 따라 '02.10.1일자로 환경부 소속기관의 정원 86명 을 감축하여 시.도로 이체
200104월25일
총 정원1,303명, 국제협력관의 직급을 3급에서 2·3급으로 조정
낙동강환경관리청에 부산환경출장소(5급) 신설
낙동강청 소재지를 부산에서 창원으로 변경
200010월16일
국토의 난개발로 인한 자연훼손을 방지하고 환경친화적인 국토개발정책을 효율적으로 추진하기 위하여, 환경정책국에 국토환경보전과를 신설하고 기획관리실의 비상계획담당관을 폐지
200002월28일
개방형직위에 대한 특례조항 신설
감사관, 상하수도국장, 환경위해성연구부장 및 낙동강환경관리청장은 계약직공무원으로 보할 수 있음